Компания отсчитывает свою историю с 1994 года, когда её нынешний владелец Сергей Галицкий основал компанию по торговле бытовой химией. Первый магазин «Магнит» был открыт в 1998 году в Краснодаре по адресу ул. Тюляева, 8 (В настоящее время — универсам «Пятёрочка»). Розничная сеть быстро развивалась, достигнув к концу 2005 года 1500 магазинов. С 2006 года начато развитие сети гипермаркетов, в 2007 году открыт первый гипермаркет в Краснодаре.

В конце декабря 2008 года сеть «Магнит» вошла в список компаний, которые имели право на государственную поддержку в период кризиса.

В 2010 году компания начала развивать сеть магазинов типа дрогери «Магнит-Косметик» по продаже косметики (первый такой магазин появился в Новороссийске).

В 2012 году компания создала собственную энергосбытовую компанию «МагнитЭнерго», которая, как планируется, будет обслуживать магазины сети.

На 29 октября 2014 года сеть компании включала 9132 магазина, из них 7971 магазин в формате «магазин у дома», 178 гипермаркетов, 70 магазинов «Магнит Семейный» и 913 магазинов «Магнит-Косметик» формата дрогери, расположенных в 2019 населенных пунктах России.

На начало октября 2014 года у компании имелось 25 распределительных центров. В распоряжении «Магнита» имеется более 5,7 тыс. грузовиков марки MAN, Mercedes-Benz и Renault. Автотранспортные предприятия имеются при каждом распределительном центре компании, в каждом из них есть официально сертифицированный сервис.